水生植物系统重建的关键在于先锋植物的培育，本团队提出的水生生态系统重建技术基于高效生物澄清剂，利用生物技术手段快速提高水体透明度，为沉水植物恢复营造良好的光合环境。水生植物系统包括滨岸挺水植物、沉水植物及浮水植物等，植物选取上除了考虑净化效果，还需要考虑景观需求、季节演替及其搭配等，植物品种上优先考虑本地种。水生植物系统的初步恢复需要2-4个月时间，初步重建后，可以为水生动物恢复提供栖息环境，同时也为微生物提供附着条件，有利于形成良好的自净体系。
     在沉水植物建群成功后，逐步向河道投放鱼、虾、螺、贝等水生动物，主要包括鱼类、底栖动物、虾类及滤食性浮游动物。结构上，需要充分考虑水生动物的时空结构和营养结构配置，科学合理地设计水生动物的放养模式（包括种类、数量、习性、投放顺序等）。水生动物系统通过滤食浮游藻类等实现水体营养级转化，有效控制蓝藻水华，进而达到净化水质的目的。