底质预处理主要是根据河湖底泥实际情况，对水体底泥进行消毒及淤泥活化等处理措施，其目的是杀灭原来污染水体底质中病原微生物及其他有害生物；同时，可向水体中投放适量石灰乳，以改善底质酸碱度；此外，通过本土微生物的分离、培养、驯化，调配多种有益微生物菌种，扩大培养后投放水体，以活化底质，同时降低水体COD、BOD浓度。
    此外，对于硬质驳岸滨岸区底质，恢复底质底泥厚度，培育恢复本土微生物，近岸水体投放光合细菌、有益放线菌和有益芽胞杆菌等建立混合微生物群体，促进水体含碳有机物、含磷和硫物质的分解，投放氨氧化细菌与反硝化细菌，用于对水体中氨氮、尿素、尿酸、氨基酸、蛋白质等含氮物质的 分解，建立并恢复水生动植物的生长环境。通过以上措施实施，消除或者减缓其对后期生态防御系统的负面影响，建立或者恢复底质有益微生物处理系统，促进沉水植物群落的生长及系统的恢复和稳定，提高水体水质净化效果。